Ο Συγγραφέας μπορεί να ανεβάσει στο σύστημα πιθανά απαραίτητα Συμπληρωματικά Αρχεία της υποβολής του στο Βήμα 4 της διαδικασίας υποβολής. Τα αρχεία αυτά συνήθως περιλαμβάνουν σύνολα ερευνητικών δεδομένων, εργαλεία έρευνας, κείμενα πηγών ή άλλο υλικό που ενώ θα μπορούσαν να αποτελέσουν ένα παράρτημα της υποβολής, η σημασία τους δικαιολογεί την αντιμετώπισή τους ως ξεχωριστά τεκμήρια. Επιπλέον ο Συγγραφέας πρέπει να ευρετηριάσει τα Συμπληρωματικά Αρχεία ξεχωριστά από την υποβολή, επιτρέποντας έτσι τα αρχεία αυτά να αποτελέσουν μέρος ενός μεγαλύτερου ευρετηρίου και να ανευρεθούν από αναγνώστες που αναζητούν πληροφορίες σε αυτή τη μορφή.

Μορφές Συπληρωματικών Αρχείων. Τα Συμπληρωματικά Αρχεία φορτώνονται στο σύστημα στην πρωτότυπη μορφή τους — χωρίς κανένα περιορισμό — και παραμένουν σε αυτή τη μορφή, σε αντίθεση με το την κύρια υποβολή η οποία πρέπει να ακολουθεί μια συγκεκριμένη μορφοποίηση κειμένου ώστε να μετατραπεί στην κατάλληλη μορφή για δημοσίευση. Αυτό σημαίνει όται σύνολα δεδομένων σε αρχεία λογιστικών φύλλων φορτώνονται και διατηρούνται σε αυτή τη μορφή, κάτι βέβαια που μπορεί να προκαλέσει προβλήματα στους χρήστες σε ότι αφορά το κατάλληλο λογισμικό προβολής των αρχείων αυτών. Οι Συγγραφείς θα πρέπει να λάβουν υπόψη τους αυτά τα προβλήματα και να παρέχουν, αν είναι δυνατόν, στην περιγραφή των Συμπληρωματικών Αρχείων, οδηγίες για το κατάλληλο λογισμικό.