Ο Διαχειριστής του περιοδικού μπορεί να δημιουργήσει διαφορετικές ενότητες μέσα στο περιοδικό με την επιλογή Ενότητες Περιοδικού στη σελίδα Διαχείρισης του Περιοδικού. Ένα περιοδικό τυπικά μπορεί να περιέχει ενότητες όπως Άρθρα, Βιβλιοκριτικές, κλινικές Εφαρμογές, Σχόλια, Νέα κλπ.
Αν χρησιμποιηθούν Επιμελητές Ενότητας, ο Διαχειριστής του περιοδικού μπορεί να τους ορίσει ώστε να επιβλέπουν την διαδικασία επιμέλειας των εργασιών που έχουν υποβληθεί σε κάθε ενότητα. (Ο Επιμελητής Περιοδικού αναθέτει υποβολές από την λίστα Χωρίς Ανάθεση σε έναν από τους εγγεγραμμένους Επιμελητές Ενότητας).
Οι Ενότητες μπορούν να διαμορφωθούν σε διαφορετικές μεταξύ τους μορφή και διάταξη μέσα στο ίδιο περιοδικό. Ο Πίνακας των περιεχομένων, τον οποίο ο Επιμελητής Περιοδικού δημιουργεί για κάθε τεύχος, θα διαιρεθεί ανάλογα με τις ενότητες που έχουν δημιουργηθεί. Στην περίπτωση που σε ένα τεύχος δεν υπάρχουν άρθρα σε μια ενότητα, η ενότητα αυτή δεν θα εμφανιστεί στον Πίνακα Περιεχομένων.
Δημιουργώντας μια πολιτική Ενοτήτων. Κατά την δημιουργία μιας Ενότητας, ο Διαχειριστής του Περιοδικού θα πρέπει να εισάγει μια σύντομη δήλωση για την πολιτική της ενότητας, η οποία θα είναι διαθέσιμη στους Συγγραφείς και Αναγνώστες στο μενού Σχετικά με το Περιοδικό και στη σελίδα Πολιτικές Ενότητας. Η δήλωση αυτή θα περιγράφει τον σκοπό και το περιεχόμενο της ενότητας και των πιθανών υποβολών σε αυτή. Θα πρέπει να περιέχει πληροφορίες για το αν οι υποβολές σε αυτή την ενότητα θα αξιολογούνται από ομότιμους αξιολογητές (peer review) και αν θα ευρετηριάζονται, αν η Ενότητα είναι ανοικτή ή όχι σε προσκεκλημένους συγγραφείς (ή στους Επιμελητές), το επιθυμητό μέγεθος άρθρων κλπ.
Ευρετηρίαση των περιεχομένων της Ενότητας. Τα τεκμήρια μιας ενότητας θα πρέπει να ευρετηριάζονται αν συνεισφέρουν στην βιβλιογραφία και όχι σε άλλες περιπτώσεις όπως για παράδειγμα σε ενότητες που αναφέρονται σε ανακοινώσεις συνεδρίων ή αγορά εργασίας. Η επιλογή της ευρετηρίασης δίνει την δυνατότητα στους Συγγραφείς να εισάγουν στο σύστημα μεταδεδομένα σχετικά με τις εργασίες που έχουν υποβάλει. Τα μεταδεδομένα αυτά θα είναι διαθέσιμα για επιστημονικές μηχανές αναζήτησης που υλοποιούν το Open Archives Initiative Metadata Harvesting Protocol καθώς και σε άλλες σχετικές υπηρεσίες μόλις το άρθρο δημοσιευτεί. Οι συγγραφείς των τεκμηρίων στις διάφορες Ενότητες τα οποία έχουν ευρετηριαστεί θα εμφανίζονται στην λίστα Συγγραφέων και τα τεκμήρια θα συνοδεύονται από τα Εργαλεία Ανάγνωσης που έχει επιλέξει ο Διαχειριστής του Περιοδικού για το περιοδικό.
Ενεργοποίηση ή απενεργοποίηση περιλήψεων. Μερικές ενότητες, όπως οι κριτικές βιβλίων, δεν απαιτούν περίληψη της υποβολής και αυτή η επιλογή επιτρέπει στον Διαχειριστή του περιοδικού να απενεργοποιήσει ή να ενεργοποιήσει την επιλογή αυτή για την συγκεκριμένη ενότητα. Όταν η επιλογή είναι απενεργοποιημένη, δεν θα ζητείται από τους συγγραφείς να εισάγουν περίληψη της εργασίας τους κατά την διαδικασία υποβολής και δεν θα εμφανίζεται στον Πίνακα Περιεχομένων.
Τύπος Τεκμηρίου. Κατά την προβολή των μεταδεδομένων στους αναγνώστες ή σε εξωτερικά συστήματα (π.χ. μέσω OAI harvesting), ο τύπος του τεκμηρίου πρέπει να προσδιοριστεί. Για παράδειγμα, το τεκμήριο μπορεί να είναι ένα αξιολογημένο άρθρο (peer-reviewed), προσκεκλημένο άρθρο (invited article) κλπ.
Περιορισμού περιεχομένου ενότητας. Το πεδίο Περιορισμοί θα πρέπει να ενεργοποηθεί για Ενότητες του περιοδικού (όπως τα Άρθρα του Επιμελητή ή Συνεντεύξεις) που δεν είναι ανοιχτές για υποβολές από συγγραφείς. Σε αυτή τη περίπτωση οι υποβολές θα πρέπει να προέρχονται από τους επιμελητές ή να έχουν ζητηθεί από προσκεκλημένους συγγραφείς.
Απόκρυψη του τίτλου της Ενότητας από τον Πίνακα Περιεχομένων. Μερικές φορές είναι επιθυμητό να επιδιώκουμε υποβολές για μια ενότητα αλλά για διαφόρους λόγους να θέλουμε να αποκρύψουμε το όνομα της ενότητας όταν τα περιεχόμενά της εμφανίζονται στους αναγνώστες.
Σχετικά. Επίσης μερικέ φορές μπορεί να επιθυμείτε να διαγράψετε τις πληροφορίες για μια ενότητα όπως εμφανίζονται στο μενού Σχετικά με το Περιοδικό. Αυτό είναι χρήσιμο όταν για παράδειγμα υπάρχει μια ενότητα που δεν ενημερώνεται τακτικά ή υπάρχει ενότητα με παροράματα.